Trong suốt đại dịch COVID-19, du thuyền Diamond Princess đã bị cách ly tại cảng Yokohama ở Nhật Bản. Iwata chỉ trích mạnh mẽ việc quản lý tình huống trong hai video YouTube được lưu hành rộng rãi và được công bố vào ngày 18 tháng 2 năm 2020.[5][6] Trong các video, ông mô tả các điều kiện của Diamond Princess bị cách ly là "hoàn toàn hỗn loạn",[7][8] và gọi con tàu là "cối xay COVID-19".[9] Ngày 20 tháng 2 cùng năm, ông đã tự xóa số video trên và nói rằng "không cần phải thảo luận thêm về điều này". Ông cũng phủ nhận rằng mình đã bị áp lực phải xóa các video này.[10]